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如果您发现您的苹果手机短信被删除后再次出现一部分，可能有以下几种原因。
1、自动同步：如果您在iCloud或其他云服务中启用了短信同步，那么在其他设备上的删除操作可能会同步到您的iPhone上，您可以检查其他设备上的短信应用是否也进行了删除操作。
2、未完全删除：有时在删除短信时可能会误操作或未完全删除某些短信，您可以再次尝试手动删除这些短信，并确保在删除后刷新手机界面。
3、系统错误：在某些情况下，系统可能会出现错误导致短信重新出现，您可以尝试重启手机，或者更新系统到最新版本，看看问题是否得到解决。
4、第三方应用干扰：某些第三方应用可能会影响短信的正常操作，您可以检查您最近安装的应用程序，并尝试禁用或删除它们，看看问题是否得到解决。
如果您仍然无法解决问题，建议您联系苹果官方客服寻求帮助，他们可以提供更具体的解决方案和建议。